Séparations vertelt het verhaal van tienduizenden illegale migranten die vanuit Noord-Afrika de oversteek naar Europa maken, en dat van de achterblijvende families. De documentaire portretteert de Tunesische Mohamed, vader van vier kinderen, die zijn leven riskeert om een betere toekomst te creëeren voor zichzelf en zijn gezin. Via Lampedusa reist hij naar Frankrijk, waar hij, wonend in tijdelijke onderkomens en moeizaam op zoek naar werk, de grenzen van vertrouwelijkheid en solidariteit leert kennen. Intussen zien we hoe zijn vrouw en kinderen in Tunesië in armoede wachten op het geld dat Mohamed zal proberen te sturen.